Nikolaus Messmer trat 1975 in den Orden ein und wurde am 28. Mai 1989 zum Priester geweiht. Von 1997 bis 2006 war er – unterbrochen von einem Promotionsstudium an der Gregoriana in Rom – Rektor des Kleinen Seminars in Nowosibirsk (Russland). Am 18. März 2006 wurde er von Papst Benedikt XVI. zum Apostolischen Administrator von Kirgisistan ernannt. Die Bischofsweihe spendete ihm am 2. Juni 2006 Kardinalstaatssekretär Angelo Sodano.
Aus der Familie Messmer haben neben Nikolaus zwei weitere Brüder den Weg in den Jesuitenorden gefunden: Otto Messmer SJ (* 1961) wurde am 27. Oktober 2008 in Moskau ermordet. Er war zu diesem Zeitpunkt Oberer des Ordens in Russland. Sein Bruder Hieronymus Messmer gehört zur Deutschen Provinz der Jesuiten.
